El primer supermercado del ISSEG se estableció en el año de 1968 en la Ciudad de Guanajuato,siendo el primero de los establecimientos comerciales creados para atender las necesidades de los derechohabientes y posteriormente del público en general.
La primera farmacia del ISSEG, fue establecida el 16 de septiembre de 1970 en la Ciudad de Guanajuato,otorgando el servicio únicamente a los empleados de gobierno. Debido al gran éxito de la farmacia en la comunidad, a los 6 meses ya atendía también las necesidades del público en general.
Para el año de 1995 se contaba con 36 farmacias y a partir de entonces esta Unidad de Negocio ha ido creciendo paulatinamente, pasando de 36 a 48 farmacias en 1996, de 48 a 60 farmacias en 1997, de 60 a 68farmacias en 1998, de 68 a 77 farmacias en 1999 y de 77 a 86 farmacias en el año 2000.
Las farmacias ISSEG conforman la única cadena de farmacias que tiene presencia en los 46 municipiosdel Estado de Guanajuato. De esta forma llegamos a los municipios más alejados y de difcil acceso, como Xichú, Atarjea, Victoria, Santa Catarina y Tierra Blanca, cumpliendo así una labor social al llevar medicamentos hasta las comunidades menos desarrolladas del Estado.
Actualmente contamos con casi 160 farmacias y con importantes planes de crecimiento para los próximos años.